Відмінності в полярності сполук важливі, лише якщо ви розділяєте суміш сполук, які мають дуже різні полярності. Температура колонки, полярність колонки, швидкість потоку та довжина колонки є постійними під час циклів ГХ у навчальних лабораторіях органічної хімії.
Якщо полярність нерухомої фази та сполуки однакова, час утримання збільшується, оскільки сполука сильніше взаємодіє з нерухомою фазою.. Як наслідок, полярні сполуки мають тривалий час утримування на полярних стаціонарних фазах і менший час утримування на неполярних колонках при однаковій температурі.
Полярність речовин істотно впливає на їх рух і розділення під час хроматографії. У хроматографії суміш речовин поділяють на окремі компоненти на основі їх різної спорідненості до нерухомої та рухомої фаз.
Коли ці сполуки діють як кислоти, зв’язок Н-Х розривається з утворенням іонів Н+ і Х-. Чим полярніший цей зв’язок, тим легше утворити ці іони. Таким чином, чим полярніший зв'язок, тим сильніша кислота.
Полярність може призвести до притягнення між молекулами газу, що призводить до відхилень від ідеальної поведінки газу. Притягання збільшує ефективний об’єм газу та зменшує середню кінетичну енергію, внаслідок чого газ відхиляється від ідеальної поведінки газу.
Якщо використовується розчинник занадто високої полярності, всі компоненти в суміші рухатимуться разом із розчинником, і поділу не спостерігатиметься (Rf буде занадто великим).
