Після смерті Франциска, Марія повернулася до Шотландії, щоб взяти на себе призначену роль монарха країни. У 1565 році вона вийшла заміж за свого англійського двоюрідного брата лорда Дарнлі, щоб підтвердити свої претензії на спадкоємство англійського престолу після смерті Єлизавети.
Ні, вони не були закохані. Багато хто вважав, що Френсіс Мей любив її, але всі погодяться, що вони любили один одного. Вони були друзями дитинства і з самого початку знали, що одружаться і правитимуть Францією. Марія піклувалася про нього змалку, особливо тому, що він був хворобливою дитиною.
Мері було всього 15 років, коли вона вийшла заміж за Френсіса, з яким виховувалась. Франциск, на рік молодший, обожнював Мері, і вона виявляла до нього сильну сестринську прихильність. Він був слабкою і хворобливою дитиною, і малоймовірно, що шлюб коли-небудь був укладений.
В результаті шлюбу Франциск став королем-консортом Шотландії до самої смерті. Шлюб не народив дітей і, можливо, ніколи навіть не був здійснений, можливо, через хвороби Френсіса або неопущені яєчка.
Мері розповідає Франциску про свою вагітність і він не міг бути щасливішим з цього приводу. Його щастя посилюється, коли він дізнається, що Мері стане хрещеною матір'ю його дитини. Однак Мері втрачає свою дитину, і вони сумують через втрату, оскільки народження дитини було важливим для них особисто, а не лише для їхніх країн.