Багато тем у фільмі відносять його до «середньовічного» жанру, особливо його теми християнського навернення та належного застосування церковної влади. Метою місій було навернути нехристиян до релігії, припускаючи, що вони її ще не мали.
Він пропонує позитивне зображення католицьких місіонерів як самовідданих поборників і захисників корінних народів та їхнього способу життя, а не як гнобителів чи імперіалістів. Воно починається й закінчується мученицькою смертю — свідченням, підписаним кров’ю.
Історична основа Місія заснована на подіях навколо Мадридської угоди 1750 року, за якою Іспанія поступилася частиною Єзуїтського Парагваю Португалії. Значним підтекстом є загрозливе придушення єзуїтів, про що отця Габріеля попереджає оповідач фільму, кардинал Альтамірано, який сам є єзуїтом.
Повість досліджує теми мужність, впевненість і важливість невдач через історію хлопчика-підлітка, який подав заявку на односторонню місію на Марс.
Центральним питанням є чи будуть гуарані вигнані зі своєї землі чи ні. Хоча Альтамірано вражений місіями серед гуарані, він також визнає, що місії становлять економічну загрозу для європейських (іспанських чи португальських) плантацій.
Місія розповідає про боротьбу єзуїтських місій за виживання після Мадридського договору, що ознаменувало перехід іспанських земель до португальців. Єзуїти борються за захист своїх місій від португальців після договору.
